Após os eventos da série Blue Dragon, Shu e Bouquet se juntam a um grupo de resistência para lutar contra o exército de invasão do General Rogi. Eles encontram uma criança misteriosa, Noi, que tem o poder de reviver a contraparte sombria de Shu, Blue Dragon, e salvá-la de a perseguição de um dragão vermelho. Agora Shu e a sua companhia têm de embarcar mais uma vez numa viagem para descobrir o propósito dos dragões, submeter-se aos seus testes e parar a cadeia de eventos que ameaça o destino da humanidade.