Era uma vez, o time de basquete da escola secundária Teiko subiu para distinção demolindo toda a concorrência. Os frequentadores dessa equipe tornaram-se conheciddos como a Geração dos Milagres. Após terminar o ensino médio, esses cinco estrelas se mudaram para escolas diferente, cada escola tinha uma forte equipe de basquete. No entanto, um fato que poucos jogadores sabem é que havia outro jogador da Geração dos Milagres, o sexto jogador fantasma. Este jogador misterioso é agora um calouro na Seirin High, uma escola nova com uma poderosa, e pouca conhecida, equipe basquete. Agora, Tetsuya Kuroko, o sexto membro da Geração dos Milagres, e Kagami, um jogador de talento natural, que passou a maior parte do ensino médio nos Estados Unidos, têm o objetivo de trazer Seirin ao topo do Japão, jogando contra os companheiros antigos de Kuroko, um por um.