No início do século 21 um meteorito colidiu com a Antártida. Depois, enquanto os cientistas estudavam o acidente, ocorreu uma gigantesca explosão, chamada de Segundo Impacto. Shinji Ikari é um menino de quatorze anos, que foi a Toyko3, uma cidade que também serve como fortaleza, para se encontrar com seu pai, que o deixou há muitos anos. A cidade também passa a ser alvo de criaturas monstruosas chamadas Anjos no momento da sua chegada. Por fim, Shinji acaba no Evangelion Unidade 01, tornando-se seu piloto permanente, e é jogado em combate como a última defesa da cidade para lutar contra os Anjos. No entanto, conforme luta, Shinji começa a perceber a verdade por trás dos Anjos, do Segundo Impacto, a luta do homem contra Deus, e do que ele realmente tem medo.