Em desespero, Edward Elric sacrificou seu corpo e alma para salvar seu irmão Alphonse. Agora, ele está perdido no coração de Munique, Alemanha. Ele luta para se adaptar a um mundo estranho após a crise econômica que seguiu o fim da Primeira Guerra Mundial. Isolado e incapaz de voltar para casa sem suas habilidades de alquimia, Edward busca novas formas de escapar. Ele conta com a ajuda de colegas que lembram pessoas do passado. Enquanto isso, a insatisfação cresce entre os cidadãos alemães, afetando também seus vizinhos. Alphonse, por sua vez, continua investigando o desaparecimento de Edward. Ele se aprofunda na ciência da alquimia, determinado a se reunir com seu irmão mais velho.