Devido ao aumento dramático do nível do mar, a humanidade perdeu uma parte significativa de suas terras habitáveis, forçando-a a depender de tecnologia pré-existente para sobreviver. Entre as muitas pessoas afetadas pela tragédia, Natsuki Ikaruga, um brilhante recém-formado que perdeu uma perna em um acidente de submarino, agora está reduzido a viver uma vida miserável em uma ilha quase deserta. Depois que Natsuki encontra uma mulher misteriosa chamada Catherine, ele descobre um robô humanoide avançado que pertencia a sua avó Nonko, uma renomada climatologista. Atri, o robô recuperado com a aparência e o comportamento de uma jovem, revela a Natsuki que Nonko a encarregou de uma missão importante, mas ela se esqueceu do que era. Embora Natsuki estivesse inicialmente planejando vender Atri, a oportunidade de se conectar com a pesquisa de sua avó por meio de Atri o faz repensar sua decisão. Natsuki uma vez teve que sacrificar seu sonho para participar de uma prestigiosa missão científica. Mas, ao se abrir para seus companheiros ilhéus, ele descobre que ainda pode fazer a diferença em um mundo desolado.