Depois de testemunhar a morte de sua mãe quando jovem, Uryuu Kamihate cresceu desiludido com os deuses, descartando a fé neles como um absurdo total. Devido às suas crenças, ele pretende se tornar um médico, passando a maior parte do tempo estudando para entrar na prestigiosa Universidade de Kyoto. Para continuar seus estudos, Uryuu procura um novo lugar para acolhê-lo e fugir do ambiente barulhento do orfanato onde cresceu. Chidori Amagami, o sacerdote chefe do Santuário Amagami, permite que ele fique na residência Amagami. No entanto, Uryuu tem que viver lá com as três netas de Chidori — Yae, Yuna e Asahi — que servem como donzelas do santuário. Além disso, Chidori tem outra condição para Uryuu: ele tem que se casar com uma das irmãs para garantir o futuro do santuário e um dia herdá-lo. Mas com os objetivos e perspectivas de Uryuu naturalmente colidindo com as crenças das irmãs, essa provação já assustadora parece completamente impossível.