Embora tenha crescido como órfão, Nio Chirinu encontra um lugar para pertencer: sendo um garçom no restaurante de sua avó adotiva. Mas essa paz não dura muito; Nio e sua irmã Iroha são usados ​​como isca para prender sequestradores de crianças por Toshizou Hijikata e Souji Okita — dois membros de um infame grupo ronin chamado Miburo. Após a provação, Toshizou propõe que Nio se junte às fileiras de Miburo e proteja o povo de Kyoto. Frustrado por sua própria fraqueza, Nio treina para igualar a esgrima de seus novos camaradas. Mesmo assim, ele luta para ser aceito por Tarou Tanaka e Hajime Saitou, os outros membros Miburo de sua idade. Determinado a fazer amizade com eles, Nio deve descobrir seu próprio senso de justiça e se tornar forte o suficiente para prevalecer contra todos os seus inimigos.