Escondido nas montanhas, perto da elite da Escola Secundária Kunugigaoka, fica um pequeno prédio abandonado que abriga os delinquentes e os que abandonaram a classe 3-E. Desprezados por seus colegas, os alunos desta classe parecem ter pouca esperança de progredir em suas carreiras acadêmicas. Isto é, até que o governo nacional os encarregue de eliminar a maior ameaça ao seu planeta: o seu novo professor. Tendo já destruído a Lua, o professor parecido com um polvo - apelidado de "Koro-sensei" - ameaçou destruir a Terra até março do ano seguinte. À luz da sua missão, os estudantes descobriram que matá-lo é mais fácil de falar do que. feito. Koro-sensei não apenas pode se mover em velocidades de até Mach 20, mas também pode resistir a quase todas as armas terrestres. Ironicamente, ele também prova ser um dos melhores professores que a Classe 3-E já teve. Para que a turma se destaque tanto em seus estudos como estudantes quanto em suas habilidades como assassinos, Koro-sensei está confiante de que a engenhosidade e a vontade indomável de seus alunos poderão devolvê-los ao campus principal.