A história se passa por volta da década de 1470, durante o meio do período Muromachi, logo após as Guerras de Ōnin e Bunmei. Ela começa na península de Noto, localizada no distrito de Hokuriku. O protagonista, Hyakkimaru, nasceu sem 48 partes do corpo. Para sobreviver, recebeu um corpo artificial. Ao longo da trama, ele enfrenta 48 monstros criados a partir das partes que perdeu. Cada vez que derrota um deles, recupera parte de seu corpo original.