Naruto Shippuuden ocorre 2 anos e meio após Naruto ter ficado para treinar com Jiraiya. Após seu retorno, Naruto descobre que seus amigos shinobi's o superaram na classificação, e ele caiu para trás. No entanto, com apenas 6 meses para resgatar Sasuke, Naruto tem de enfrentar inimigos ainda mais perigosos. O plano da Akatsuki se revela lentamente e os perigos surgem mais do que nunca!

Guiado pelo espírito demoníaco que existe dentro dele, o órfão Naruto aprende a controlar os seus poderes como ninja, nesta série animé de ação.

A hora final do popular jogo de realidade virtual Yggdrasil chegou. No entanto, Momonga, um poderoso mago e mestre da guilda das trevas Ainz Ooal Gown, decide passar seus últimos momentos no jogo enquanto os servidores começam a desligar. Para sua surpresa, apesar do relógio ter batido meia-noite, Momonga ainda está totalmente consciente, pois seu personagem e, além disso, os personagens não jogáveis ​​parecem ter desenvolvido personalidades próprias! Confrontado com essa situação anormal, Momonga comanda seus servos leais para ajudá-lo a investigar e assumir o controle deste novo mundo, com a esperança de descobrir o que causou esse desenvolvimento e se pode haver outros na mesma situação.