Segunda temporada de Spy Kyoushitsu. Depois que uma Guerra horrível causou inimagináveis prejuízos à população, os governos recorrem a uma tática mais evasiva para promover suas agendas uma guerra travada nas sombras. Lily, uma linda garota de cabelos brancos, é aluna de uma das muitas Instituições que treinam jovens para se tornarem espiões. Infelizmente, apesar de se dar bem nos exames teóricos, ela mal consegue passar nos exames práticos. Sua esperança de se tornar são sombrias, até que ela recebe uma oportunidade de se juntar à misteriosa equipe Tomoshibi e participar de uma missão intransponível.