A história segue Botan Negoro, que treinou como ninja desde a infância e se tornou um espião talentoso. Ela se junta a Kuruma, um espião com talento para o teatro, em uma nova missão com o mundo em jogo: recuperar o ‘Cristal de Tesla’, o ‘legado’ do genial inventor sérvio-americano Nikola Tesla. Mas outros países e seus agentes já estão se movendo para proteger o Cristal Tesla, e Botan e Kuruma terão que usar toda sua inteligência para ser mais esperto que eles.